Struktur Organisasi Kantor Imigrasi Kelas I TPI Samarinda meliputi Subbagian Tata Usaha, Seksi Lalu Lintas Keimigrasian, Seksi Izin Tinggal dan Status Keimigrasian, Seksi Teknologi Informasi dan Komunikasi Keimigrasian, Seksi Intelijen dan Penindakan Keimigrasian.